ई. बी. व बँक या क्षेत्रांत काम केले. थोरले बंधू वैद्यकीय क्षेत्रात असल्यामुळे ते कायम बाहेर गावी असत. त्यामुळे संस्थानच्या परंपरेचे कामकाज प. पू. महाराज पाहात असत. १९९९ साली प. पू. भानुदासनाथ महाराज ब्रह्मलीन झाले आणि सर्व कारभार महाराजांवर आला.श्रीमोहननाथ महाराज यांच्याकडे मठाची जबाबदारी आली तेव्हाचा काळ त्यांच्या दृष्टीकोनातून सर्वच पातळीवर प्रतिकूल होता. श्रीगुरु भानुदासनाथ महाराजांच्या समाधी घेण्यामुळे श्री मोहननाथ महाराजांचे एकाच वेळेस वडीलांचे व सद्गुरूंचे छत्र हरवले होते. हा काळ प. पू. महाराजांसाठी खूप कठीण होता. तेव्हा काही गुरुबंधू, भक्त खंबीरपणे महाराजांसोबत होते. त्याचबरोबर संस्थानाची आर्थिक बाजूही कमकुवत झालेली होती. अशा परिस्थितीत गुरु आज्ञेने नाथपरंपरा पुढे नेण्यासाठी श्री मोहननाथ महाराजांनी कार्यभार स्वीकारला.

१९९४ साली ग्वाल्हेर येथील ढोलीबुवा मठाचे श्रीगुरुभक्त सदाशिव महाराज पुरंदरे यांच्या प्रमुख उपस्थितीत श्रीमोहननाथ महाराजांचा पीठारोहण सोहळा विधीवत पार पडला. या सोहळ्याला अनेक तीर्थक्षेत्रावरील ब्रह्मवृंद, पंडित, आचार्य आवर्जून हजर होते. वेदमंत्रांच्या जयघोषात व हजारो भक्तगणांच्या उपस्थितीत प. पू. महाराजांचा पीठारोहण सोहळा संपन्न झाला. श्री संत ज्ञानेश्वर महाराजांच्या नाथसंप्रदायी परंपरेचे १३वे पीठाधीश प. पू. मोहननाथ महाराज मठात विराजमान झाले. याप्रसंगी अनेक तीर्थांवरील गंगाजलाने, समुद्र जलाने महाराजांना अभिषेक करण्यात आला व प. पू. महाराजांचे विधिवत पूजन करण्यात आले.

संत नरहरिनाथ महाराज संस्थान नदी काठावरील परिसरात असल्यामुळे मठाच्या प्रांगणात झाडी होती. रस्ता नीट नव्हता. शिष्य मंडळी देखील उत्सवाला व कार्य प्रसंगाच्या निमित्तानेच येत असत. पूर्वी प. पू. महाराजांचा निवास गावातील वाड्यावर होता. आन्हीक व नित्य उपासनेसाठी ते मठात येत असत. पण पीठाधीश झाल्यावर प. पू. महाराजांनी कायम निवास करण्याचा निर्णय घेतला व इथेच संस्थानाच्या व नाथपरंपरेच्या उज्वल भविष्याचा पाया नव्याने रचला गेला. नाथसंप्रदायाची परंपरा पुढे नेण्यासाठी प. पू. महाराजांनी नोकरी व अन्य व्यावहारिक गोष्टींचा सर्वत्याग करून संस्थानच्या सेवेचे व्रत अंगिकारले.

मठाची देखभाल व उत्सव या आध्यात्मिक उपक्रमांसोबत महाराजांनी संस्थानाच्या वास्तूचे काळानुरूप नूतनीकरण व विकसन केले. नदीकडील संरक्षण भिंत उभारणे. सर्व समाधी मंदिरांच्या परिसराचे सुशोभीकरण, या सारख्या अनेक महत्त्वाच्या गोष्टी भक्तांच्या सहकार्याने महाराजांनी करविल्या.

नाथसंप्रदाय हा जगाच्या कल्याणासाठी असल्याने तो सर्वदूर पोहचण्यासाठी सर्वच नाथमहाराजांनी कार्य केले आहे. या परंपरेतूनच श्री मोहननाथ महाराजांनी आपले कार्यक्षेत्र विस्तारत नाथसंप्रदायाचा प्रसार केवळ महाराष्ट्रातच नव्हे तर सातासमुद्रापलीकडेही केला. विदर्भ, मराठवाडा, पश्चिम महाराष्ट्रात नाथ संप्रदायाचा मोठा प्रचार प. पू. महाराजांनी केला. हे सर्व कार्य वेगाने सुरू होते. महाराजांच्या भक्तीपूर्ण सेवेने अनेक भक्तगण नाथसंप्रदायात सामील होऊ लागले. या प्रचार प्रसारातून निर्माण झालेल्या नवउर्जेने अवघ्या वीस वर्षांत मठाचा कायापालट झाला. परंतु महाराजांनी आपले कार्यक्षेत्र महाराष्ट्रापुरतेच मर्यादित न ठेवता जगकल्याणाच्या दृष्टीकोनातून गुजरात, मध्यप्रदेश, उत्तर प्रदेशामध्येही महाराष्ट्राच्या या नाथपरंपरेचा प्रचार व प्रसार केला. आज अमेरिका, लंडन, ऑस्ट्रेलिया या परदेशातही प. पू. महाराजांचा काही शिष्य परिवार आहे. या शिष्यपरिवारामुळे आज ही परंपरा संपूर्ण जगभरात पोहोचलेली आहे, पोहोचत आहे.